Người chơi trong giai đoạn đầu của trò chơi sẽ gặp phải boss hướng dẫn. Boss này cơ bản không có sức mạnh, người chơi cần chú ý là đánh rơi thanh máu đầu tiên của boss, sau đó boss sẽ ngay lập tức rơi vào trạng thái giận dữ, người chơi cần tập trung vào việc tránh né. Vậy thứ tự các boss trong Yên Vân Thập Lục Thanh mà mọi người cần lưu ý, nếu người chơi quan tâm, có thể theo dõi để hiểu rõ hơn.

Màn hình bóng múa bắt đầu: Đây là boss đầu tiên mà người chơi gặp ở ngoài trời, vị trí ở rừng tre phía Bắc Bách Thảo Dã. Kỹ năng chính là nhảy lên đập xuống đất, ngoài ra cũng sẽ sử dụng các chuỗi kỹ năng.

Lá Vạn Sơn: Sau khi người chơi đến Bồ Đề Khổ Hải, họ sẽ gặp boss thứ hai, đây là một boss cưỡi ngựa, phương thức tấn công chủ yếu là cưỡi ngựa lao nhanh hoặc sử dụng vũ khí. Điều người chơi cần làm là cố gắng giữ khoảng cách, sau đó chú ý tránh né và phản công.

Người cưỡi ngựa: Đây là một boss chính tuyến, và còn là một boss kép, người chơi chỉ cần làm là đánh chết con ngựa, sau khi đánh chết ngựa, ông già sẽ lập tức hồi đầy máu, người chơi cần chú ý.

Vô Tướng Vương: Đây là một boss có thân hình đồ sộ, và chiêu thức biến hóa khó lường, sau khi vào giai đoạn giữa của trò chơi, tương đối là một boss rất khó đối phó.

Ngủ Đạo Nhân: Boss này sẽ tạo ra dây leo, sau đó luôn kiểm soát người chơi, thậm chí còn có thể ném người chơi lên không trung, vị trí ở Thiện Diệu Châu.

Tay Quỷ (Rắn Lang Trung): Boss này ở Hồ Bào Sơn, hướng tây bắc có thể tìm thấy, nhưng cụ thể kỹ năng chưa rõ.

Gian Anh: Đây là một sát thủ, và còn có ba hình thái khác nhau, khi vào hình thái cuối cùng, có thể gây ra sát thương diện rộng rất mạnh mẽ.
Màn hình bóng múa kết thúc: Người chơi đến điểm dịch chuyển Lai Sinh Án có thể thấy một hòn đảo nhỏ, lúc này có thể tìm thấy boss này.

Khi vào giai đoạn sau của trò chơi cũng có thể thấy boss Sát Địa Thần ở phía tây nam đỉnh núi. Boss Itō nằm ở phía tây bắc Bất Tự Tiện Tiên, người chơi muốn thách đấu thì cần vào khách sạn Bất Tự Tiện Tiên trước. Rong Điệp là một boss trong Hiệp Cảnh, người chơi cần sắp xếp người cố định, sau đó đi ứng phó với thuốc nổ.

Sau khi xem qua phần giới thiệu trên, người chơi đã hiểu sơ lược về thứ tự các boss trong Yên Vân Thập Lục Thanh. Thực tế trong trò chơi có rất nhiều boss, và thứ tự xuất hiện của các boss này hoàn toàn khác nhau, đối với người chơi nên hiểu rõ về các boss, sau đó đánh bại tất cả chúng.